Сохранение природных комплексов — приоритетная цель и основная задача ГУ «Дирекция ООПТ». Это и объясняет особо строгий режим, действующий в границах охраняемых территорий.

Охрана, в том числе борьба с браконьерством, обеспечение пожарной безопасности на особо охраняемых природных территориях, сбор первичной научной информации, сопровождение научных сотрудников, работа с посетителями — это не полный перечень обязанностей сотрудников службы охраны ГУ «Дирекция ООПТ». В структуре учреждения создан специальный отдел охраны окружающей среды, работающий в отдаленных районах Владимирской области.

Помимо специального отдела охраны, существует оперативная группа, которая работает экстерриториально, то есть перемещаются по всей территории и акватории ООПТ.

В работе также помогает обновленная материальная база отдела: снегоходы, спецавтомобили, лодочные моторы, соответствующая экипировка, фотоловушки и видеорегистраторы. Современная техника позволяет проводить оперативные мероприятия в целях выявления нарушений природоохранного законодательства на территории всех ООПТ круглогодично, по всей территории в сложнейших климатических условиях.